中国-上海合作组织地方经贸合作示范区管理委员会设置10个内设机构，分别为综合一部（党群工作部）、综合二部（开发区管理办公室、应急管理办公室）、产业发展一部、产业发展二部、产业发展三部、企业服务一部（上合示范区投资促进局）、企业服务二部、国际交流合作部、政策研究和制度创新部、区域联动部；按规定设置纪检监察机构。